密碼科學技術國家重點實驗室由國家密碼管理局主管，于2014年11月由國家科技部批準建設。

實驗室面向國際密碼學科發展前沿，面向國家網絡空間安全戰略需求，圍繞密碼基礎理論、密碼工程技術基礎、密碼測評方法，開展前沿性、前瞻性和戰略性研究工作。實驗室以建設成為國家密碼科技創新高地、密碼學術交流高端平臺和密碼人才培養重點基地為目標，在實驗室學術委員會指導下，開展和承擔了多項基礎性和前沿性科研項目，包括國家重點基礎研究計劃（973計劃）項目、國家自然科學基金重點項目等，并面向國家網絡空間安全戰略需求，承擔了10多項國家級和省部級重大科研項目。實驗室目前有固定人員和聘用人員100多人，其中高級職稱占百分之六十以上。